Dessa är de nio ryu som är förenade i Bujinkan Budo Taijutsu

• Gyokko ryu Kosshijutsu
• Koto ryu koppojutsutu
• Shinden Fudo ryu Dakentaijutsu
• Kuki Shinden ryu Happo Bikenjutsu
• Takagi Yoshin ryu Jutaijutsu
• Togakure ryu Ninpo
• Gikan ryu Koppojutsu
• Kumogakure Ninpo
• Gyokushin ryu Ninpo

Alla skolor har sin egen historia, sina egna hemligheter och sina egna kampmetoder. Skolorna har generation efter generation, genom arv, förts vidare till nästa stormästare, soke, av vilka Hatsumi sensei är den nuvarande.